Ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp sản xuất phần mềm là vấn đề được nhiều doanh nghiệp công nghệ quan tâm trong quá trình thành lập, mở rộng hoạt động và tối ưu chi phí vận hành. Ngành sản xuất phần mềm được xem là lĩnh vực có vai trò quan trọng trong quá trình chuyển đổi số, phát triển kinh tế công nghệ và nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp.
Bắc Ninh không chỉ có nhà máy điện tử – vì sao đây còn là thị trường tốt cho doanh nghiệp phần mềm?
Nhắc đến Bắc Ninh, nhiều doanh nghiệp thường nghĩ ngay đến các khu công nghiệp, nhà máy điện tử, doanh nghiệp FDI và chuỗi cung ứng sản xuất. Nhưng chính mật độ hoạt động công nghiệp cao lại tạo ra một thị trường rất đáng chú ý cho doanh nghiệp công nghệ. Khi nhà máy ngày càng tự động hóa, số hóa và kết nối dữ liệu theo thời gian thực, phần mềm không còn chỉ phục vụ khối văn phòng mà trở thành một phần của hệ thống vận hành sản xuất.
Với doanh nghiệp đang nghiên cứu ưu đãi thuế cho hoạt động phần mềm, cần tách hai vấn đề. Một là Bắc Ninh có thị trường đủ tốt để phát triển doanh nghiệp phần mềm hay không. Hai là hoạt động cụ thể của doanh nghiệp có thuộc trường hợp được hưởng ưu đãi thuế TNDN hay không. Đây là hai câu hỏi liên quan nhưng không đồng nhất.
Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, “sản xuất sản phẩm phần mềm” tiếp tục được xác định là một trong các ngành, nghề được ưu đãi thuế TNDN. Vì vậy, điểm quyết định không phải doanh nghiệp có bao nhiêu lập trình viên hay khách hàng nằm ở tỉnh nào, mà là bản chất hoạt động tạo ra thu nhập có đáp ứng điều kiện của hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm hay không.
Hệ sinh thái sản xuất và FDI tại Bắc Ninh tạo nhu cầu phần mềm nào?
Một nhà máy hiện đại có thể cần hàng chục lớp phần mềm khác nhau: quản trị doanh nghiệp, kế hoạch sản xuất, quản lý nguyên vật liệu, quản lý kho, truy xuất nguồn gốc, kiểm soát chất lượng, quản lý bảo trì máy móc, nhân sự, chấm công, logistics, báo cáo quản trị và kết nối dữ liệu giữa các dây chuyền.
Do đó, doanh nghiệp phần mềm tại Bắc Ninh không nhất thiết phải cạnh tranh bằng các ứng dụng dành cho người tiêu dùng. Một hướng thị trường khác là phát triển giải pháp B2B phục vụ trực tiếp nhà máy, nhà cung cấp cấp 1, cấp 2, doanh nghiệp logistics và các doanh nghiệp phụ trợ.
Đặc biệt, khách hàng FDI thường yêu cầu khả năng tùy biến, tích hợp với hệ thống đang sử dụng, phân quyền người dùng, bảo mật dữ liệu và hỗ trợ kỹ thuật dài hạn. Điều này mở ra không gian cho cả doanh nghiệp sở hữu sản phẩm riêng lẫn công ty phát triển phần mềm theo đơn đặt hàng.
ERP, MES, quản lý kho và phần mềm sản xuất có thị trường ra sao?
ERP giải quyết bài toán quản trị tổng thể; MES tập trung sâu hơn vào hoạt động sản xuất; WMS hỗ trợ quản lý kho; còn các phần mềm chuyên ngành có thể xử lý từng vấn đề cụ thể như truy xuất linh kiện, quản lý lỗi sản phẩm, lịch bảo trì thiết bị hoặc theo dõi tiến độ đơn hàng.
Điểm đáng chú ý là doanh nghiệp phần mềm không nhất thiết phải xây một hệ thống ERP khổng lồ ngay từ đầu. Một sản phẩm giải quyết tốt một “điểm đau” cụ thể của nhà máy vẫn có thể hình thành thị trường riêng.
Chẳng hạn, công ty có thể bắt đầu bằng phần mềm quản lý kho nguyên vật liệu cho doanh nghiệp điện tử, sau đó mở rộng sang quản lý sản xuất, kiểm soát chất lượng và dashboard điều hành. Khi đó, cùng một lõi sản phẩm có thể được triển khai cho nhiều khách hàng thay vì mỗi hợp đồng lại xây dựng một hệ thống hoàn toàn mới.
Doanh nghiệp phần mềm có cần đặt khách hàng tại Bắc Ninh mới được hưởng ưu đãi?
Không nên hiểu ưu đãi dành cho sản xuất sản phẩm phần mềm là ưu đãi chỉ phát sinh khi khách hàng của doanh nghiệp nằm tại Bắc Ninh.
Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 xác định ưu đãi theo ngành, nghề và theo địa bàn trong những trường hợp tương ứng. “Sản xuất sản phẩm phần mềm” tự thân đã được liệt kê trong nhóm ngành, nghề ưu đãi. Vì vậy, khi xem xét ưu đãi theo hoạt động này, trọng tâm là dự án, hoạt động tạo ra thu nhập, sản phẩm và quy trình sản xuất, chứ không phải chỉ nhìn địa chỉ của người mua phần mềm.
Một công ty đặt tại Bắc Ninh hoàn toàn có thể phát triển sản phẩm cho khách hàng ở Hà Nội, TP.HCM hoặc nước ngoài. Ngược lại, việc có nhiều khách hàng tại Bắc Ninh cũng không tự động biến doanh thu của công ty thành thu nhập từ sản xuất sản phẩm phần mềm.
Từ công ty outsourcing đến doanh nghiệp sở hữu sản phẩm phần mềm – mô hình nào dễ mở rộng hơn?
Outsourcing có ưu điểm là dễ bắt đầu khi doanh nghiệp có đội ngũ kỹ thuật nhưng chưa sở hữu sản phẩm riêng. Doanh thu thường gắn với hợp đồng, số lượng nhân sự hoặc phạm vi công việc.
Mô hình product company khó hơn ở giai đoạn đầu vì doanh nghiệp phải đầu tư vào nghiên cứu nhu cầu, thiết kế sản phẩm, lập trình, kiểm thử, marketing và bán hàng. Đổi lại, một sản phẩm có thể được bán hoặc cho thuê quyền sử dụng cho nhiều khách hàng.
Mô hình SaaS còn mở ra khả năng thu phí định kỳ theo tháng, năm, số người dùng hoặc module.
Tuy nhiên, xét về thuế, không nên mặc định “product được ưu đãi, outsourcing không được ưu đãi”. Cần đi sâu vào từng hợp đồng và xác định doanh nghiệp thực tế thực hiện công đoạn nào trong quá trình tạo ra sản phẩm.
Sai lầm đầu tiên khi nói về ưu đãi thuế – cứ có lập trình viên là mặc nhiên “sản xuất phần mềm”
Một công ty có 20 developer chưa chắc toàn bộ doanh thu là doanh thu từ sản xuất sản phẩm phần mềm. Ngược lại, doanh nghiệp chỉ có một nhóm kỹ thuật nhỏ vẫn có thể phát sinh hoạt động đáp ứng quy trình sản xuất phần mềm nếu thực tế thực hiện đúng các công đoạn và có tài liệu chứng minh.
Đây là lý do việc xác định ưu đãi phải đi từ hoạt động → sản phẩm → quy trình → hồ sơ → doanh thu, thay vì đi từ chức danh nhân sự.
Viết code khác hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm ở điểm nào?
Viết code là một công đoạn quan trọng, nhưng Thông tư 13/2020/TT-BTTTT đặt việc lập trình, viết mã lệnh ở công đoạn thứ ba trong quy trình.
Để hoạt động sản xuất một sản phẩm phần mềm được xác định đáp ứng quy trình theo Thông tư này, đối với sản phẩm đó doanh nghiệp phải thực hiện ít nhất một trong hai công đoạn đầu: xác định yêu cầu hoặc phân tích và thiết kế. Hoạt động đã thực hiện phải được thể hiện bằng tài liệu tương ứng.
Do đó, một nhóm developer chỉ nhận specification hoàn chỉnh từ bên khác rồi thực hiện một phần coding cần được xem xét khác với trường hợp doanh nghiệp trực tiếp khảo sát yêu cầu, phân tích nghiệp vụ, thiết kế giải pháp và phát triển sản phẩm.
Gia công phần mềm cho khách hàng có phải trường hợp nào cũng giống nhau?
Không.
Hợp đồng outsourcing có thể rất khác nhau.
Trường hợp A: khách hàng giao toàn bộ requirement, kiến trúc và thiết kế; doanh nghiệp chỉ cung cấp developer viết một module.
Trường hợp B: khách hàng đưa ra bài toán kinh doanh, doanh nghiệp khảo sát, xác định yêu cầu, thiết kế hệ thống, lập trình và kiểm thử.
Trường hợp C: doanh nghiệp sử dụng nền tảng do mình phát triển, sau đó tùy biến theo yêu cầu riêng của từng khách hàng.
Ba trường hợp đều có thể được gọi chung là “làm phần mềm” trong giao tiếp thương mại, nhưng hồ sơ chứng minh quy trình sản xuất và bản chất thu nhập lại khác nhau.
Vì vậy, trước khi kết luận về ưu đãi thuế cần đọc cả hợp đồng, phụ lục phạm vi công việc, requirement, tài liệu thiết kế, biên bản nghiệm thu và hồ sơ kỹ thuật.
Bảo trì, vận hành và hỗ trợ kỹ thuật có được nhìn nhận như sản xuất sản phẩm mới?
Thông tư 13/2020/TT-BTTTT đưa cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng, bảo trì và bảo hành vào công đoạn thứ sáu của quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm. Tuy nhiên, điều này không có nghĩa mọi khoản phí bảo trì độc lập đều mặc nhiên trở thành thu nhập từ một dự án sản xuất sản phẩm phần mềm được hưởng ưu đãi.
Ví dụ, cần phân biệt việc doanh nghiệp vừa sản xuất sản phẩm vừa triển khai và bảo trì chính sản phẩm đó với trường hợp doanh nghiệp chỉ nhận vận hành hoặc bảo trì phần mềm do một đơn vị khác phát triển.
Đây chính là lý do hợp đồng nên tách rõ phí phát triển sản phẩm, phí triển khai, phí bảo trì, phí hỗ trợ và các khoản dịch vụ khác.
Cách bóc tách từng dòng doanh thu trước khi nghĩ đến ưu đãi thuế
Doanh nghiệp nên lập một “bản đồ doanh thu” theo từng sản phẩm và hợp đồng.
Ví dụ:
ERP-X: phí license + phí tùy biến + phí triển khai + phí bảo trì.
WMS-Y: phí SaaS hàng tháng + phí onboarding.
Dự án Z: phí phân tích nghiệp vụ + phát triển theo yêu cầu + kiểm thử + bàn giao.
Dịch vụ IT: quản trị server + helpdesk + cho thuê thiết bị.
Sau khi chia doanh thu thành từng nhóm, doanh nghiệp mới đối chiếu xem khoản thu nhập nào gắn với hoạt động đáp ứng điều kiện ưu đãi.
Cách làm này đặc biệt quan trọng bởi Nghị định 320/2025/NĐ-CP yêu cầu doanh nghiệp có đồng thời hoạt động được ưu đãi và không được ưu đãi phải hạch toán riêng thu nhập tương ứng; nếu không hạch toán riêng được thì việc xác định phần thu nhập ưu đãi phải thực hiện theo phương pháp được pháp luật quy định.
“Tấm vé vào cửa” của ưu đãi – sản phẩm doanh nghiệp tạo ra có thực sự là sản phẩm phần mềm?
Trước khi kiểm tra quy trình 7 công đoạn, cần trả lời một câu hỏi cơ bản hơn: doanh nghiệp đang sản xuất sản phẩm gì?
Hồ sơ sẽ yếu nếu doanh nghiệp chỉ ghi chung chung: “công ty hoạt động lập trình phần mềm”.
Thay vào đó cần định danh từng sản phẩm hoặc dự án đủ rõ để kết nối sản phẩm với tài liệu kỹ thuật và doanh thu.
Xác định tên và chức năng của từng sản phẩm phần mềm
Một bộ hồ sơ tốt nên trả lời được ít nhất:
Tên sản phẩm là gì?
Sản phẩm giải quyết vấn đề nào?
Đối tượng sử dụng là ai?
Có những module chính nào?
Doanh nghiệp tự phát triển phần nào?
Phiên bản nào đã hoàn thành?
Khách hàng đang mua sản phẩm, quyền sử dụng hay dịch vụ phát triển?
Sau đó mới đối chiếu sản phẩm với danh mục sản phẩm phần mềm theo quy định chuyên ngành.
Sản phẩm đặt hàng riêng cho khách khác phần mềm thương mại như thế nào?
Phần mềm thương mại thường có lõi sản phẩm tương đối ổn định và được bán hoặc cấp quyền sử dụng cho nhiều khách hàng.
Phần mềm đặt hàng lại hình thành từ yêu cầu riêng của một khách hàng cụ thể.
Về hồ sơ, phần mềm đặt hàng thường có lợi thế là dễ hình thành chuỗi chứng cứ: yêu cầu khách hàng → phân tích → thiết kế → coding → test → nghiệm thu → bàn giao.
Trong khi đó, sản phẩm thương mại hoặc SaaS cần quản lý tốt roadmap, requirement nội bộ, version, release note và hồ sơ phát triển từng phiên bản.
Website, ứng dụng, nền tảng SaaS và hệ thống nội bộ cần phân loại ra sao?
Không nên nhìn vào tên gọi.
Một “website” có thể chỉ là trang giới thiệu doanh nghiệp nhưng cũng có thể là một web application với hàng chục chức năng nghiệp vụ.
Một “app” có thể là sản phẩm phần mềm độc lập.
Một nền tảng SaaS có thể được doanh nghiệp tự phát triển rồi cung cấp quyền sử dụng theo thuê bao.
Do đó, phải đi từ chức năng và bản chất của sản phẩm, sau đó đối chiếu với danh mục sản phẩm phần mềm và quy trình sản xuất tương ứng.
Một hợp đồng có cả phần mềm và dịch vụ khác phải tách thế nào?
Đây là trường hợp rất phổ biến.
Ví dụ hợp đồng triển khai hệ thống quản lý kho trị giá 800 triệu đồng có thể gồm:
phát triển phần mềm;
mua máy quét mã vạch;
cung cấp server;
cài đặt;
đào tạo;
bảo trì;
hỗ trợ kỹ thuật.
Nếu hợp đồng chỉ ghi một dòng “cung cấp giải pháp quản lý kho: 800 triệu đồng”, việc xác định doanh thu và thu nhập liên quan đến hoạt động ưu đãi sẽ khó hơn đáng kể.
Doanh nghiệp nên tách phạm vi công việc, giá trị và hồ sơ nghiệm thu tương ứng ngay từ hợp đồng.
7 công đoạn sản xuất phần mềm – nhưng doanh nghiệp không nhất thiết phải tự làm cả 7
Theo Thông tư 13/2020/TT-BTTTT, quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm gồm 7 công đoạn: xác định yêu cầu; phân tích và thiết kế; lập trình, viết mã lệnh; kiểm tra, thử nghiệm; hoàn thiện, đóng gói; cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng, bảo trì, bảo hành; và phát hành, phân phối sản phẩm phần mềm.
Điểm quan trọng thường bị hiểu sai là doanh nghiệp không bắt buộc phải tự thực hiện đủ cả 7 công đoạn. Để xác định hoạt động sản xuất một sản phẩm phần mềm đáp ứng quy trình theo Thông tư 13/2020/TT-BTTTT, doanh nghiệp phải thực hiện ít nhất một trong hai công đoạn đầu tiên và có tài liệu tương ứng chứng minh hoạt động thực tế.
Xác định yêu cầu – công đoạn tưởng đơn giản nhưng có giá trị chứng minh lớn
Công đoạn này có thể bao gồm việc hình thành ý tưởng, khảo sát khách hàng, làm rõ nhu cầu, phân tích nghiệp vụ và thống nhất yêu cầu.
Trong thực tế doanh nghiệp, tài liệu có thể mang nhiều tên khác nhau:
Requirement Document, Business Requirement Document, Product Requirement Document, User Story, Feature Specification, biên bản khảo sát hoặc biên bản thống nhất yêu cầu.
Tên file không phải yếu tố duy nhất quyết định. Quan trọng hơn là tài liệu thể hiện được doanh nghiệp đã thực sự tham gia xác định yêu cầu của sản phẩm.
Phân tích và thiết kế – bộ tài liệu nào thường được hình thành?
Đây là giai đoạn chuyển bài toán kinh doanh thành giải pháp kỹ thuật.
Hồ sơ có thể bao gồm sơ đồ kiến trúc hệ thống, database design, API specification, data flow, wireframe, prototype, UI/UX design, mô tả module và tài liệu thiết kế bảo mật.
Một công ty phần mềm tại Bắc Ninh phát triển MES cho nhà máy chẳng hạn có thể lưu cả sơ đồ luồng dữ liệu từ máy sản xuất đến server, thiết kế database, logic phân quyền và mockup dashboard.
Lập trình, kiểm thử và hoàn thiện sản phẩm liên kết với nhau ra sao?
Sau thiết kế là quá trình coding. Nhưng source code chỉ là một phần của chuỗi chứng cứ.
Repository có thể cho thấy ai thực hiện, thời điểm commit, branch, phiên bản và lịch sử thay đổi.
Sau coding, doanh nghiệp nên lưu test case, bug report, test result, biên bản UAT và tài liệu nghiệm thu.
Đến giai đoạn hoàn thiện, hồ sơ có thể bổ sung hướng dẫn sử dụng, tài liệu giới thiệu sản phẩm, hướng dẫn cài đặt và release package.
Cài đặt, chuyển giao, bảo trì và phát hành được đặt ở đâu trong chuỗi sản xuất?
Theo quy trình chuyên ngành, cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng, bảo trì và bảo hành thuộc công đoạn 6; phát hành, phân phối thuộc công đoạn 7.
Điều này đặc biệt phù hợp với mô hình SaaS. Doanh nghiệp có thể phát triển sản phẩm, triển khai trên hạ tầng của mình, cung cấp tài khoản cho khách hàng và liên tục bảo trì hệ thống.
Tuy nhiên, hồ sơ vẫn phải kết nối được hoạt động sau phát triển với chính sản phẩm mà doanh nghiệp sản xuất, tránh gom tất cả hoạt động IT của doanh nghiệp vào cùng một nhóm.
Hồ sơ ưu đãi nên được tạo ra từ lúc developer bắt đầu dự án, không phải cuối năm mới “làm lại”
Một sai lầm phổ biến là đến thời điểm quyết toán thuế doanh nghiệp mới hỏi phòng kỹ thuật: “Có tài liệu nào chứng minh quy trình sản xuất phần mềm không?”
Khi đó developer đã nghỉ việc, repository đã đổi hệ thống, requirement nằm trong email cũ, test case không còn và nhiều dự án chỉ còn hợp đồng cùng hóa đơn.
Trong khi đó, Thông tư 20/2026/TT-BTC tiếp tục đặt trách nhiệm tự xác định điều kiện ưu đãi, thời gian ưu đãi và kê khai quyết toán lên doanh nghiệp. Nếu qua kiểm tra phát hiện doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện, có thể phát sinh truy thu, tiền chậm nộp và xử lý vi phạm theo quy định. Thông tư có hiệu lực từ ngày 12/03/2026.
Requirement document chứng minh giai đoạn xác định yêu cầu thế nào?
Requirement nên có mã dự án hoặc tên sản phẩm, phiên bản, ngày lập, người lập, người duyệt và nội dung yêu cầu.
Nếu phát triển theo đơn đặt hàng, nên liên kết requirement với hợp đồng và biên bản khảo sát khách hàng.
Nếu tự phát triển sản phẩm, có thể liên kết requirement với roadmap, ticket hoặc quyết định phát triển tính năng.
Mục tiêu là khi kiểm tra ngược, doanh nghiệp chứng minh được tài liệu đó thuộc sản phẩm nào và giai đoạn nào.
Wireframe, database design và tài liệu kiến trúc có giá trị ra sao?
Các tài liệu này giúp chứng minh công đoạn phân tích và thiết kế.
Một sơ đồ database được tạo đúng thời điểm dự án diễn ra có giá trị chứng minh tự nhiên hơn một bộ tài liệu được nhân sự viết lại hàng loạt vào cuối năm.
Doanh nghiệp nên duy trì version, ngày tạo và người phụ trách để tạo “dấu vết phát triển” liên tục.
Source code, repository, lịch sử phiên bản và biên bản test nên lưu thế nào?
Repository nên được tổ chức theo project hoặc product rõ ràng.
Commit history không chỉ phục vụ developer mà còn có thể hỗ trợ chứng minh quá trình phát triển.
Mỗi phiên bản quan trọng nên liên kết được với requirement, ticket, source code, kết quả test và release note.
Doanh nghiệp không nhất thiết phải in hàng nghìn trang source code. Quan trọng hơn là xây dựng hệ thống hồ sơ đủ khả năng truy xuất và chứng minh quá trình sản xuất thực tế.
Biên bản nghiệm thu và tài liệu bàn giao phải liên kết với sản phẩm ra sao?
Biên bản nghiệm thu không nên chỉ ghi “hoàn thành dịch vụ theo hợp đồng”.
Nên xác định phiên bản, module hoặc chức năng đã nghiệm thu.
Ví dụ:
“Hoàn thành Module quản lý tồn kho – Version 2.1 thuộc hệ thống GM-WMS”.
Cách ghi này tạo liên kết:
Hợp đồng → Requirement → Thiết kế → Repository → Test → Version → Nghiệm thu → Hóa đơn → Doanh thu.
Đó mới là một “đường kiểm toán” tương đối rõ ràng.
“Bản đồ doanh thu” – công cụ quan trọng hơn việc chỉ kiểm tra tổng doanh thu công ty phần mềm
Ưu đãi thuế không nên được hiểu đơn giản là “công ty phần mềm nên toàn bộ lợi nhuận đều được ưu đãi”.
Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 xác định sản xuất sản phẩm phần mềm là ngành, nghề ưu đãi; đồng thời Nghị định 320/2025/NĐ-CP đặt ra nguyên tắc hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và hoạt động không được ưu đãi khi doanh nghiệp đồng thời thực hiện nhiều hoạt động.
Doanh thu bán quyền sử dụng phần mềm
Cần xác định doanh nghiệp có tự sản xuất phần mềm được bán hoặc cấp quyền sử dụng hay chỉ phân phối sản phẩm của bên khác.
Nếu là sản phẩm tự phát triển, doanh nghiệp nên quản lý hồ sơ sản phẩm, version, hợp đồng license và hồ sơ phát triển tương ứng.
Doanh thu phát triển phần mềm theo đơn đặt hàng
Đây là nhóm cần kiểm tra sâu hợp đồng và quy trình thực hiện.
Hồ sơ tốt thường cho thấy một chuỗi tương đối hoàn chỉnh từ yêu cầu khách hàng đến thiết kế, lập trình, kiểm thử và nghiệm thu.
Không nên chỉ căn cứ tên hóa đơn “dịch vụ lập trình phần mềm” để kết luận.
Doanh thu bảo trì, triển khai và hỗ trợ kỹ thuật
Nên mở mã doanh thu riêng cho các khoản này.
Đồng thời cần xác định chúng gắn với sản phẩm do doanh nghiệp sản xuất hay là dịch vụ độc lập.
Một hợp đồng bảo trì hệ thống do công ty khác sản xuất cần được đánh giá khác với bảo trì chính nền tảng SaaS mà doanh nghiệp đang tự phát triển và cung cấp.
Doanh thu phần cứng, tư vấn hoặc dịch vụ ngoài phần mềm phải theo dõi riêng thế nào?
Nếu doanh nghiệp vừa bán phần mềm vừa bán máy chủ, máy quét barcode, thiết bị mạng hoặc cung cấp dịch vụ IT khác thì nên tách ngay từ báo giá, hợp đồng, hóa đơn và hệ thống kế toán.
Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định cơ chế xác định thu nhập ưu đãi trong trường hợp không hạch toán riêng được, nhưng về quản trị rủi ro, việc chủ động hạch toán riêng vẫn là phương án rõ ràng hơn.
Ưu đãi thuế TNDN không nên tính bằng một phép nhân đơn giản
Từ ngày Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15 có hiệu lực, doanh nghiệp cần cập nhật cách đánh giá ưu đãi theo hệ thống pháp luật mới thay vì sao chép nguyên các bài hướng dẫn được viết theo Luật và văn bản hướng dẫn cũ.
Luật 67/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/10/2025; Nghị định 320/2025/NĐ-CP có hiệu lực ngày 15/12/2025; Thông tư 20/2026/TT-BTC có hiệu lực ngày 12/03/2026.
Đối với dự án đầu tư mới thuộc hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm đáp ứng điều kiện, Luật 67/2025/QH15 quy định nhóm này thuộc diện áp dụng thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm theo Điều 13. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải xác định đầy đủ điều kiện của dự án, thời điểm bắt đầu ưu đãi, thời gian miễn giảm và các quy định chuyển tiếp tương ứng trước khi áp dụng vào trường hợp cụ thể.
Xác định dự án và hoạt động được hưởng ưu đãi trước khi tính thuế
Đây phải là bước đầu tiên.
Doanh nghiệp nên lập bảng:
Dự án → sản phẩm → hoạt động → điều kiện sản xuất phần mềm → doanh thu → chi phí → thu nhập.
Sau đó mới áp dụng mức ưu đãi.
Làm ngược lại – lấy toàn bộ lợi nhuận doanh nghiệp rồi nhân với một mức thuế suất ưu đãi – có thể tạo rủi ro lớn khi công ty đồng thời có hoạt động phần mềm và hoạt động khác.
Thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi phải theo dõi từ mốc nào?
Doanh nghiệp phải xác định chính xác thời điểm phát sinh doanh thu, thu nhập và các mốc được pháp luật dùng để tính thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi cũng như thời gian miễn, giảm.
Đặc biệt với công ty phần mềm, dự án có thể bắt đầu coding từ năm thứ nhất nhưng đến năm thứ hai mới phát sinh doanh thu và đến năm thứ ba mới có thu nhập chịu thuế.
Ba mốc này không nên bị đánh đồng.
Do đó, ngay từ khi bắt đầu dự án, kế toán nên mở “timeline thuế” riêng thay vì đợi đến khi doanh nghiệp có lãi mới rà lại lịch sử.
Miễn thuế, giảm thuế và thuế suất ưu đãi là ba khái niệm cần tách biệt
“Thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm” không đồng nghĩa với “15 năm không phải nộp thuế”.
Thuế suất ưu đãi là mức thuế suất áp dụng trong thời gian nhất định.
Miễn thuế là khoảng thời gian số thuế đáp ứng điều kiện được miễn.
Giảm thuế là giai đoạn số thuế phải nộp được giảm theo tỷ lệ luật định.
Vì vậy, doanh nghiệp cần xây timeline theo từng dự án để theo dõi riêng ba lớp:
Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi → thời gian miễn thuế → thời gian giảm thuế.
Đây cũng là lý do khi tư vấn ưu đãi cho doanh nghiệp phần mềm tại Bắc Ninh, không nên chỉ đưa ra một con số thuế suất rồi kết luận số tiền tiết kiệm.
Doanh nghiệp đang lỗ trong những năm đầu ảnh hưởng thời gian ưu đãi ra sao?
Đây là tình huống rất đáng lưu ý đối với startup phần mềm.
Hai hoặc ba năm đầu doanh nghiệp có thể chi mạnh cho developer, cloud, nghiên cứu sản phẩm và bán hàng nhưng doanh thu chưa đủ bù chi phí. Việc doanh nghiệp chưa phát sinh thuế phải nộp không đồng nghĩa có thể tùy ý “để dành” toàn bộ thời gian ưu đãi đến khi bắt đầu có lợi nhuận.
Doanh nghiệp phải xác định thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn, giảm theo đúng điều kiện của Luật 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP, đồng thời xem xét quy định áp dụng đối với trường hợp những năm đầu chưa có thu nhập chịu thuế.
Đặc biệt, Thông tư 20/2026/TT-BTC quy định doanh nghiệp tự xác định điều kiện ưu đãi, thuế suất ưu đãi, thời gian miễn giảm và số lỗ được trừ để kê khai, quyết toán với cơ quan thuế. Vì vậy, bộ hồ sơ chứng minh cần được xây dựng song song với quá trình phát triển sản phẩm chứ không phải đợi cơ quan thuế kiểm tra mới bổ sung.
Với doanh nghiệp phần mềm tại Bắc Ninh, cách tiếp cận an toàn hơn là xây một “hồ sơ sống về ưu đãi thuế” cho từng sản phẩm. Hồ sơ đó liên tục được cập nhật từ ngày hình thành requirement, thiết kế, source code, test, nghiệm thu cho đến hợp đồng, hóa đơn và sổ kế toán.
Khi đó, câu hỏi “công ty phần mềm có được ưu đãi thuế không?” sẽ được thay bằng câu hỏi chính xác hơn:
Sản phẩm nào được sản xuất? Doanh nghiệp thực hiện công đoạn nào? Tài liệu nào chứng minh? Khoản doanh thu và thu nhập nào phát sinh từ hoạt động đó? Dự án bắt đầu hưởng ưu đãi từ thời điểm nào?
Đó mới là nền tảng để áp dụng ưu đãi thuế TNDN cho doanh nghiệp sản xuất phần mềm tại Bắc Ninh theo hệ thống pháp luật hiện hành.
Công ty tại Bắc Ninh vừa làm phần mềm vừa kinh doanh dịch vụ khác – ưu đãi có bị mất toàn bộ?
Không nhất thiết. Một doanh nghiệp tại Bắc Ninh có thể đồng thời phát triển phần mềm, cung cấp dịch vụ IT, tư vấn công nghệ, bán thiết bị, triển khai hệ thống hoặc thực hiện các hoạt động thương mại khác. Việc tồn tại doanh thu không thuộc diện ưu đãi không đồng nghĩa toàn bộ doanh nghiệp đương nhiên mất quyền áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với phần hoạt động đáp ứng điều kiện.
Điểm quan trọng nằm ở khả năng xác định và hạch toán riêng thu nhập của hoạt động được hưởng ưu đãi với thu nhập từ hoạt động không được hưởng ưu đãi.
Khoản 1 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định rằng trong thời gian đang hưởng ưu đãi thuế TNDN, nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và thu nhập từ hoạt động không được ưu đãi. Trường hợp không hạch toán riêng được, pháp luật quy định cơ chế xác định phần thu nhập ưu đãi dựa trên tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ tương ứng.
Vì vậy, vấn đề lớn đối với công ty phần mềm không phải là “có được kinh doanh thêm ngành khác hay không”, mà là hệ thống kế toán có đủ khả năng trả lời câu hỏi: một đồng lợi nhuận đang xin hưởng ưu đãi được tạo ra từ sản phẩm và dự án nào?
Vì sao phải tách hoạt động được ưu đãi và hoạt động thông thường?
Có thể hình dung một doanh nghiệp tại Bắc Ninh có bốn dòng hoạt động:
sản xuất hệ thống MES cho nhà máy;
bán máy tính và server;
cung cấp dịch vụ quản trị hạ tầng IT;
tư vấn chuyển đổi số.
Nếu doanh nghiệp có 30 tỷ đồng doanh thu nhưng chỉ 15 tỷ đồng liên quan đến sản phẩm phần mềm đáp ứng điều kiện thì không thể chỉ dựa vào giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp có ngành nghề lập trình để áp dụng ưu đãi cho toàn bộ kết quả kinh doanh.
Nguyên tắc pháp lý hiện hành đặt trọng tâm vào thu nhập của hoạt động được ưu đãi. Khi có nhiều hoạt động, việc tách riêng giúp doanh nghiệp xác định đúng phạm vi áp dụng ưu đãi và đồng thời giảm rủi ro phải giải trình lại toàn bộ số liệu khi cơ quan thuế kiểm tra.
Có thể xây hệ thống quản trị thành ba tầng:
Tầng 1 – Hoạt động
Xác định hoạt động sản xuất phần mềm, bán hàng hóa, tư vấn, bảo trì, quản trị hệ thống…
Tầng 2 – Dự án hoặc sản phẩm
Ví dụ MES-01, WMS-02, ERP-03.
Tầng 3 – Doanh thu, chi phí, thu nhập
Mỗi hóa đơn, chi phí nhân sự, cloud, license, thuê ngoài và chi phí vận hành được gắn về hoạt động hoặc dự án tương ứng.
Khi ba tầng này được quản lý ngay từ đầu, việc quyết toán ưu đãi cuối năm trở thành quá trình tổng hợp số liệu thay vì phải “phục dựng” lại lịch sử dự án.
Hạch toán doanh thu theo từng sản phẩm và hợp đồng
Doanh thu nên được tách ít nhất theo ba chiều:
Khách hàng – hợp đồng – sản phẩm/dự án.
Ví dụ một công ty tại Bắc Ninh ký với nhà máy FDI hợp đồng 2 tỷ đồng gồm:
1,2 tỷ đồng phát triển phần mềm quản lý sản xuất;
300 triệu đồng triển khai;
200 triệu đồng bảo trì;
300 triệu đồng thiết bị.
Thay vì đưa toàn bộ 2 tỷ đồng vào một mã “doanh thu dự án IT”, doanh nghiệp nên thiết lập các mã doanh thu đủ chi tiết để biết phần nào là phần mềm, phần nào là thiết bị, phần nào là dịch vụ.
Hệ thống kế toán có thể dùng các mã như:
SP-MES-001 – sản phẩm MES.
DV-TRIENKHAI-001 – triển khai.
DV-BAOTRI-001 – bảo trì.
HH-THIETBI-001 – thiết bị.
Cách mã hóa này không tự quyết định khoản nào được ưu đãi nhưng tạo nền dữ liệu để doanh nghiệp thực hiện bước đánh giá pháp lý và thuế sau đó.
Đặc biệt, nội dung hợp đồng, biên bản nghiệm thu, hóa đơn và mã doanh thu kế toán nên thống nhất với nhau. Một dự án không nên được gọi là “MES-2026” trong repository, “dịch vụ IT” trong hợp đồng và “tư vấn công nghệ” trên hệ thống kế toán.
Phân bổ tiền lương developer và chi phí dùng chung như thế nào?
Chi phí nhân sự thường là khoản lớn nhất của doanh nghiệp phần mềm.
Nếu một developer chỉ làm dự án MES-01 thì việc tập hợp tiền lương vào dự án này tương đối rõ.
Khó khăn xuất hiện khi một developer đồng thời làm:
60% thời gian cho MES;
20% cho phần mềm nội bộ;
20% hỗ trợ hệ thống của khách hàng.
Trong trường hợp này, doanh nghiệp nên xây cơ chế phân bổ có căn cứ, chẳng hạn timesheet, task, sprint, ticket hoặc phân công dự án.
Ví dụ:
Lương tháng của developer A: 30 triệu đồng.
Timesheet:
MES-01: 100 giờ;
dự án khác: 50 giờ;
hỗ trợ nội bộ: 10 giờ.
Chi phí lương có thể được phân bổ theo cơ chế nội bộ đã được doanh nghiệp xác lập và áp dụng nhất quán.
Đối với chi phí dùng chung như:
tiền thuê văn phòng;
cloud dùng chung;
phí GitHub hoặc GitLab;
phần mềm quản lý dự án;
lương quản lý;
điện, internet;
doanh nghiệp cũng cần có tiêu thức phân bổ hợp lý, nhất quán và có thể giải trình.
Khoản 1 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP cũng quy định trường hợp doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng thì khoản đó được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động hưởng ưu đãi trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp.
Điều doanh nghiệp nên tránh là đến cuối năm mới chọn một tỷ lệ như 70/30 mà không có dữ liệu vận hành nào chứng minh.
Thiết kế mã dự án ngay trên phần mềm kế toán để bảo vệ số liệu ưu đãi
Một thay đổi nhỏ trong hệ thống kế toán có thể giảm đáng kể rủi ro.
Mỗi dự án nên có một mã duy nhất.
Ví dụ:
BN-MES-26001
Trong đó:
BN = Bắc Ninh.
MES = dòng sản phẩm.
26 = năm triển khai.
001 = số dự án.
Mã này có thể xuất hiện đồng thời trên:
báo giá;
hợp đồng;
phiếu giao việc;
timesheet;
repository;
yêu cầu thanh toán;
biên bản nghiệm thu;
hóa đơn;
chứng từ kế toán.
Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình 500 triệu đồng doanh thu của một dự án, kế toán có thể truy ngược trực tiếp từ sổ kế toán đến hợp đồng và từ hợp đồng đến hồ sơ kỹ thuật.
Đó là cách biến ưu đãi thuế từ một “lập luận” thành một chuỗi dữ liệu có thể kiểm tra.
Ba phòng ban phải “nói cùng một ngôn ngữ” nếu doanh nghiệp muốn giữ ưu đãi khi kiểm tra thuế
Rủi ro lớn nhất của nhiều công ty phần mềm không nằm ở việc không có hoạt động kỹ thuật thật.
Họ có developer thật.
Có source code thật.
Có khách hàng thật.
Có sản phẩm thật.
Nhưng bốn hệ thống tài liệu của doanh nghiệp lại mô tả bốn câu chuyện khác nhau.
Kỹ thuật gọi là “Smart Factory Platform”.
Sales gọi là “gói chuyển đổi số”.
Hóa đơn ghi “dịch vụ IT”.
Kế toán hạch toán chung vào “doanh thu dịch vụ”.
Khi đó, công việc của doanh nghiệp không chỉ là chứng minh có code mà còn phải giải thích tại sao bốn nhóm hồ sơ trên thực chất đang nói về cùng một sản phẩm.
Bộ phận kỹ thuật phải lưu bằng chứng gì?
Bộ phận kỹ thuật nên lưu hồ sơ theo vòng đời sản phẩm.
Có thể xây thư mục dự án như sau:
01 – Requirement
02 – Analysis & Design
03 – Source Code
04 – Testing
05 – Release
06 – Deployment
07 – Handover
Thông tư 13/2020/TT-BTTTT xác định hoạt động sản xuất một sản phẩm phần mềm đáp ứng quy trình khi doanh nghiệp thực hiện ít nhất một trong hai công đoạn đầu là xác định yêu cầu hoặc phân tích và thiết kế, đồng thời hoạt động phải được thể hiện bằng các tài liệu tương ứng. Tài liệu công khai trong hệ thống Make in Vietnam năm 2026 cũng tiếp tục sử dụng cấu trúc 7 công đoạn này để chứng minh tuân thủ quy trình.
Vì vậy, chỉ giữ source code là chưa đủ an toàn về mặt hồ sơ.
Developer và project manager nên lưu thêm:
requirement;
user story;
wireframe;
architecture;
database design;
API specification;
test case;
bug tracking;
release note;
biên bản UAT;
tài liệu bàn giao.
Bộ phận kinh doanh phải mô tả sản phẩm trên hợp đồng ra sao?
Một lỗi phổ biến là hợp đồng được viết quá chung.
Ví dụ:
“Bên B cung cấp dịch vụ công nghệ thông tin cho Bên A.”
Cách ghi này có thể thuận tiện về thương mại nhưng lại làm yếu mối liên hệ giữa hợp đồng và sản phẩm.
Nếu thực tế công ty đang phát triển hệ thống quản lý sản xuất, hợp đồng có thể mô tả rõ hơn:
“Phân tích, thiết kế, phát triển, kiểm thử và bàn giao hệ thống phần mềm quản lý sản xuất XYZ theo phạm vi chức năng tại Phụ lục 01.”
Phụ lục có thể nêu:
quản lý kế hoạch sản xuất;
quản lý nguyên vật liệu;
theo dõi trạng thái máy;
kiểm soát chất lượng;
dashboard sản xuất.
Không cần đưa toàn bộ tài liệu kỹ thuật vào hợp đồng, nhưng hợp đồng cần đủ rõ để kết nối với hồ sơ kỹ thuật phía sau.
Kế toán phải hạch toán doanh thu và chi phí theo sản phẩm thế nào?
Kế toán nên nhìn sản phẩm phần mềm như một cost center hoặc project center.
Đối với mỗi mã dự án nên theo dõi được:
Doanh thu trực tiếp
Tiền khách hàng trả cho dự án.
Chi phí nhân công
Developer, tester, BA, PM.
Chi phí trực tiếp khác
Cloud, API, license, outsource.
Chi phí dùng chung được phân bổ
Quản lý, văn phòng, hạ tầng dùng chung.
Từ đó hình thành:
Doanh thu dự án – Chi phí dự án = Kết quả dự án.
Nếu cùng doanh nghiệp có hoạt động ưu đãi và không ưu đãi, đây là tầng dữ liệu quan trọng để thực hiện yêu cầu hạch toán riêng theo Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Pháp chế hoặc quản lý dự án kiểm tra tính thống nhất bằng cách nào?
Có thể sử dụng một bảng kiểm “6 cột”:
Tên sản phẩm | Hợp đồng | Hồ sơ kỹ thuật | Nghiệm thu | Hóa đơn | Mã kế toán
Mỗi dòng tương ứng một sản phẩm hoặc dự án.
Nếu xuất hiện:
Tên sản phẩm: WMS-X
Hợp đồng: WMS-X
Repository: Warehouse_2026
Nghiệm thu: Dịch vụ IT
Hóa đơn: Tư vấn phần mềm
Kế toán: Dịch vụ khác
thì đây là tín hiệu phải rà lại.
Vai trò của pháp chế hoặc project manager không phải thay kế toán xác định thuế mà là bảo đảm cùng một giao dịch không bị mô tả thành nhiều bản chất khác nhau trong các bộ hồ sơ.
“Bài test 4 hồ sơ” – chỉ cần lệch nhau là ưu đãi phần mềm bắt đầu có rủi ro
Trước khi quyết toán thuế, doanh nghiệp có thể tự kiểm tra bằng bốn bộ hồ sơ:
Hợp đồng → Hóa đơn → Hồ sơ kỹ thuật → Sổ kế toán.
Nếu bốn bộ hồ sơ cùng kể một câu chuyện, khả năng giải trình sẽ thuận lợi hơn.
Nếu mỗi tài liệu kể một câu chuyện khác nhau, doanh nghiệp phải tốn thêm công sức chứng minh bản chất giao dịch.
Hợp đồng ghi “dịch vụ IT” nhưng hồ sơ kỹ thuật lại là sản xuất phần mềm
Tình huống này không nhất thiết làm doanh nghiệp mất ưu đãi ngay lập tức, bởi bản chất hoạt động vẫn phải được xem xét trên tổng thể hồ sơ.
Tuy nhiên, doanh nghiệp đang tự tạo thêm một tầng rủi ro không cần thiết.
Khi thực tế thực hiện các công việc:
xác định yêu cầu;
phân tích;
thiết kế;
lập trình;
kiểm thử;
thì hợp đồng nên mô tả phù hợp với hoạt động đó thay vì chỉ ghi một cụm từ chung là “dịch vụ IT”.
Hóa đơn không phản ánh đúng sản phẩm và nội dung hợp đồng
Ví dụ hợp đồng là phát triển “Hệ thống quản lý kho WMS-X”, nhưng hóa đơn lại ghi “dịch vụ tư vấn tháng 6”.
Khi kiểm tra riêng hóa đơn, người đọc khó xác định đây là khoản thu từ hoạt động nào.
Giải pháp là xây bộ quy tắc xuất hóa đơn gắn với hợp đồng.
Chẳng hạn:
“Phí phát triển Module quản lý kho – Dự án WMS-X – Giai đoạn 2 theo HĐ số 05/2026/HĐPM.”
Nội dung cần phù hợp quy định về hóa đơn và phản ánh đúng giao dịch thực tế, đồng thời đủ thông tin để kết nối với hồ sơ doanh nghiệp.
Hồ sơ developer có code nhưng không chứng minh được công đoạn bắt buộc
Đây là một trong những điểm gãy quan trọng nhất.
Repository có thể cho thấy hàng nghìn commit.
Nhưng nếu doanh nghiệp không còn requirement, analysis hoặc design thì lại thiếu bằng chứng đối với một trong hai công đoạn đầu của quy trình.
Đối với việc xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm đáp ứng quy trình, tài liệu chứng minh các công đoạn thực hiện có ý nghĩa trực tiếp; hồ sơ Make in Vietnam công bố năm 2026 cũng viện dẫn yêu cầu thực hiện ít nhất một trong hai công đoạn xác định yêu cầu hoặc phân tích và thiết kế.
Do đó, doanh nghiệp nên thay đổi tư duy:
Không lưu hồ sơ để “đối phó thuế”.
Mà:
Quy trình phát triển sản phẩm tự động sinh ra hồ sơ có giá trị chứng minh.
Báo cáo kế toán không tách doanh thu ưu đãi với doanh thu thông thường
Đây là vấn đề trực tiếp liên quan Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.
Pháp luật yêu cầu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động phải hạch toán riêng thu nhập của hoạt động được ưu đãi với hoạt động không được ưu đãi. Nếu không hạch toán riêng được, thu nhập ưu đãi phải xác định theo công thức tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí theo quy định.
Vì vậy, việc toàn bộ doanh thu nằm chung một tài khoản kế toán mà không có mã phụ, mã dự án hoặc bảng chi tiết sẽ làm khâu xác định ưu đãi phức tạp hơn.
Case Study – công ty Bắc Ninh viết hệ thống quản lý nhà máy cho doanh nghiệp FDI nên chuẩn bị gì?
Giả sử Công ty A tại Bắc Ninh nhận hợp đồng trị giá 3 tỷ đồng xây dựng hệ thống quản lý sản xuất cho Nhà máy B.
Doanh nghiệp có 12 developer, 2 BA, 3 tester và 1 project manager.
Ngoài dự án này, Công ty A còn bán server và cung cấp dịch vụ bảo trì hệ thống.
Nếu muốn chuẩn hóa hồ sơ ưu đãi ngay từ đầu, doanh nghiệp có thể đi theo bốn bước.
Bước 1 – xác định sản phẩm hay chỉ cung cấp nhân sự lập trình
Đầu tiên phải đọc lại scope of work.
Nếu hợp đồng chỉ là:
“Cung cấp 5 lập trình viên trong 12 tháng theo yêu cầu và sự điều hành của khách hàng”
thì hồ sơ có bản chất khác đáng kể so với:
“Khảo sát, phân tích, thiết kế, phát triển và bàn giao hệ thống quản lý sản xuất”.
Trong trường hợp thứ hai, doanh nghiệp có điều kiện thuận lợi hơn để hình thành chuỗi hồ sơ sản xuất sản phẩm.
Do đó, trước khi bàn đến ưu đãi, cần xác định:
Công ty đang bán sản phẩm, bán kết quả dự án hay chủ yếu cung cấp nguồn lực nhân sự?
Bước 2 – dựng hồ sơ từ yêu cầu khách hàng đến thiết kế hệ thống
Ngay sau kick-off, doanh nghiệp nên lưu:
biên bản khảo sát nhà máy;
danh sách yêu cầu;
business flow;
functional requirement;
system architecture;
wireframe;
database design;
API design;
phân quyền người dùng.
Mỗi tài liệu nên có:
tên dự án;
mã tài liệu;
phiên bản;
ngày lập;
người lập;
người phê duyệt.
Ví dụ:
BN-MES-26001-FRD-V1.2
Khi đó, ngay cả sau ba năm, doanh nghiệp vẫn có khả năng xác định tài liệu thuộc dự án nào.
Bước 3 – liên kết source code, nghiệm thu và hóa đơn với cùng một dự án
Repository có thể đặt:
BN-MES-26001
Sprint trong Jira:
BN-MES-26001-SP01
Biên bản nghiệm thu:
BN-MES-26001-NT03
Hóa đơn:
“Phí phát triển giai đoạn 3 dự án BN-MES-26001”.
Từ bốn hệ thống khác nhau xuất hiện cùng một mã.
Khi cần kiểm tra, doanh nghiệp có thể dựng lại đường đi:
Requirement → Design → Code → Test → Release → Nghiệm thu → Hóa đơn.
Bước 4 – tách doanh thu, chi phí và thu nhập phục vụ xác định ưu đãi
Sau khi hồ sơ kỹ thuật được chuẩn hóa, kế toán mở mã dự án tương ứng.
Ví dụ:
Doanh thu phát triển MES: 2,5 tỷ đồng.
Thiết bị: 300 triệu đồng.
Dịch vụ khác: 200 triệu đồng.
Chi phí dự án MES:
lương kỹ thuật: 1,2 tỷ đồng;
cloud: 150 triệu đồng;
phần mềm phục vụ development: 50 triệu đồng;
outsource: 200 triệu đồng;
chi phí chung phân bổ: 150 triệu đồng.
Doanh nghiệp tiếp tục xem xét các khoản doanh thu, chi phí và thu nhập này theo điều kiện ưu đãi thực tế thay vì mặc định cả 3 tỷ đồng của hợp đồng đều thuộc một nhóm.
Đây chính là tư duy “bóc dự án” thay cho tư duy “bóc công ty”.
Những “điểm gãy” khiến doanh nghiệp phần mềm mất lợi thế thuế dù hoạt động kỹ thuật là có thật
Thông tư 20/2026/TT-BTC quy định doanh nghiệp tự xác định điều kiện miễn, giảm thuế, thuế suất ưu đãi, thời gian miễn giảm và số lỗ được trừ khi kê khai, quyết toán. Nếu thanh tra, kiểm tra xác định doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện thì có thể phát sinh truy thu, tiền chậm nộp và xử lý vi phạm về thuế. Thông tư có hiệu lực từ ngày 12/03/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025.
Vì vậy, “công ty thực sự có làm phần mềm” mới chỉ là điểm bắt đầu.
Doanh nghiệp còn phải chứng minh được hoạt động đó bằng một hệ thống tài liệu và số liệu thống nhất.
Đăng ký ngành nghề phần mềm nhưng không có hồ sơ chứng minh sản phẩm
Ngành nghề đăng ký kinh doanh cho biết phạm vi hoạt động doanh nghiệp đăng ký.
Nhưng nó không thay thế tài liệu chứng minh một sản phẩm cụ thể đã được tạo ra.
Một doanh nghiệp đăng ký ngành lập trình máy vi tính từ ngày thành lập nhưng ba năm sau chỉ có hóa đơn “dịch vụ IT”, không có requirement, tài liệu thiết kế hoặc hồ sơ dự án sẽ phải đối mặt với bài toán chứng minh khó hơn.
Vì vậy cần tách:
Ngành nghề đăng ký – doanh nghiệp được đăng ký hoạt động gì.
và
Hồ sơ ưu đãi – doanh nghiệp thực tế tạo ra sản phẩm gì, bằng quy trình nào và thu nhập nào phát sinh từ hoạt động đó.
Chỉ lưu source code mà thiếu tài liệu xác định yêu cầu hoặc phân tích thiết kế
Đây là lỗi đặc biệt đáng lưu ý.
Source code chứng minh có hoạt động lập trình.
Nhưng điều kiện quy trình không chỉ dừng ở coding.
Do đó, doanh nghiệp nên yêu cầu mỗi dự án tối thiểu có một “project evidence pack” trước khi đóng dự án.
Một bộ tối thiểu có thể gồm:
requirement;
analysis hoặc design;
repository;
test;
nghiệm thu;
release/bàn giao.
Gộp phần mềm, thiết bị và dịch vụ vào một dòng doanh thu
Một hợp đồng “giải pháp nhà máy thông minh” có thể bao gồm:
phần mềm + camera + máy quét + server + thiết bị IoT + triển khai + đào tạo + bảo trì.
Nếu tất cả được gộp thành:
“Giải pháp Smart Factory: 5 tỷ đồng”
thì doanh nghiệp sẽ phải giải thích phần doanh thu và chi phí nào thực sự liên quan đến hoạt động được ưu đãi.
Ngay từ báo giá, nên chia cấu phần hợp đồng thành từng nhóm rõ ràng.
Điều này không có nghĩa phải chia nhỏ giao dịch một cách hình thức mà là phản ánh đúng bản chất của từng cấu phần doanh nghiệp thực tế cung cấp.
Đợi đến khi quyết toán thuế mới xây hồ sơ quy trình sản xuất
Đây là điểm gãy nguy hiểm nhất.
Đến tháng 3 năm sau kế toán mới hỏi developer xin tài liệu.
Nhưng:
BA đã nghỉ.
Server Jira đã chuyển.
Repository cũ bị archive.
Biên bản khảo sát nằm trong email cá nhân.
Wireframe không còn version.
Test được thực hiện qua chat nhưng không lưu kết quả.
Doanh nghiệp lúc đó phải “viết lại” tài liệu cho một quá trình thực tế đã diễn ra cách đây nhiều tháng.
Một hệ thống hồ sơ tốt nên hoạt động theo nguyên tắc:
Developer làm việc → hồ sơ tự phát sinh.
BA viết requirement.
Designer tạo wireframe.
Architect tạo architecture.
Developer commit code.
Tester tạo test case.
PM xác nhận release.
Sales lập nghiệm thu.
Kế toán ghi nhận doanh thu.
Không cần đến cuối năm mới “sản xuất thêm hồ sơ”.
Dịch vụ rà soát ưu đãi thuế cho doanh nghiệp sản xuất phần mềm tại Bắc Ninh
Đối với doanh nghiệp phần mềm tại Bắc Ninh, việc rà soát ưu đãi thuế không nên chỉ dừng ở câu hỏi “thuế suất bao nhiêu”.
Một cuộc rà soát đầy đủ nên đi từ sản phẩm – quy trình – hợp đồng – kỹ thuật – kế toán – thuế.
Đặc biệt trong bối cảnh Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC đã tạo ra khung pháp lý mới, doanh nghiệp đang sử dụng bộ hồ sơ hoặc cách tính được xây dựng từ những năm trước nên kiểm tra lại trước khi áp dụng cho kỳ tính thuế hiện tại. Nghị định 320/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 15/12/2025; Thông tư 20/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 12/03/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025.
Xác định sản phẩm và hoạt động nào có khả năng thuộc diện ưu đãi
Bước đầu tiên là lập danh mục toàn bộ nguồn doanh thu doanh nghiệp.
Ví dụ:
phần mềm thương mại;
SaaS;
phát triển phần mềm theo yêu cầu;
outsourcing;
maintenance;
triển khai;
tư vấn;
IT support;
phần cứng.
Sau đó rà từng nhóm theo ba câu hỏi:
Sản phẩm là gì?
Doanh nghiệp thực hiện hoạt động gì?
Thu nhập phát sinh từ hoạt động nào?
Kết quả của bước này có thể hình thành một “ma trận ưu đãi sơ bộ”:
Nhóm A: có cơ sở rõ để tiếp tục kiểm tra điều kiện ưu đãi.
Nhóm B: cần bổ sung hoặc làm rõ hồ sơ.
Nhóm C: hoạt động thông thường cần hạch toán riêng.
Không nên bắt đầu bằng việc lấy toàn bộ doanh thu công ty rồi tìm lý do đưa tất cả vào nhóm ưu đãi.
Rà soát quy trình sản xuất phần mềm và bằng chứng kỹ thuật
Với từng sản phẩm thuộc nhóm cần đánh giá, bước tiếp theo là dựng “bản đồ bằng chứng”.
Ví dụ:
Công đoạn 1 – Xác định yêu cầu
Requirement, BRD, user story.
Công đoạn 2 – Phân tích và thiết kế
Architecture, wireframe, database schema.
Công đoạn 3 – Lập trình
Repository, source code, commit history.
Công đoạn 4 – Kiểm tra
Test case, bug report, UAT.
Công đoạn 5 – Hoàn thiện
Release package, tài liệu hướng dẫn.
Công đoạn 6 – Cài đặt/chuyển giao
Deployment log, bàn giao.
Công đoạn 7 – Phát hành/phân phối
Release record hoặc tài liệu cung cấp sản phẩm.
Sau khi dựng bản đồ, doanh nghiệp nhìn thấy ngay dự án đang thiếu mắt xích nào.
Chuẩn hóa hợp đồng – hóa đơn – kế toán – hồ sơ dự án
Đây là bước nối “thế giới kỹ thuật” với “thế giới thuế”.
Có thể chọn ngẫu nhiên một hóa đơn rồi hỏi:
Hóa đơn thuộc hợp đồng nào?
Hợp đồng thuộc sản phẩm nào?
Sản phẩm nằm ở repository nào?
Requirement nằm ở đâu?
Biên bản nghiệm thu nào xác nhận sản phẩm?
Doanh thu được hạch toán vào mã nào?
Chi phí developer nào được tập hợp vào dự án?
Nếu doanh nghiệp trả lời được chuỗi câu hỏi này trong vài phút, hệ thống quản trị hồ sơ đang đi đúng hướng.
Nếu mất nhiều ngày để tìm từng file, doanh nghiệp nên chuẩn hóa trước khi bước vào kỳ kiểm tra thuế.
Lập bộ hồ sơ giải trình ưu đãi phục vụ quyết toán và kiểm tra thuế
Bộ hồ sơ giải trình có thể được cấu trúc thành 6 phần:
Phần 1 – Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp
Đăng ký doanh nghiệp, ngành nghề và tài liệu liên quan đến dự án.
Phần 2 – Danh mục sản phẩm
Tên, chức năng, phiên bản, khách hàng.
Phần 3 – Hồ sơ quy trình
Requirement, analysis, design, coding, test, release.
Phần 4 – Hồ sơ thương mại
Hợp đồng, phụ lục, nghiệm thu, hóa đơn.
Phần 5 – Hồ sơ kế toán
Doanh thu, chi phí, mã dự án, tiêu thức phân bổ.
Phần 6 – Bảng xác định ưu đãi
Dự án nào thuộc phạm vi xem xét ưu đãi, thu nhập nào được tách, thời gian ưu đãi và cách tính.
Đây cũng là bước đặc biệt quan trọng do Thông tư 20/2026/TT-BTC đặt trách nhiệm tự xác định điều kiện và kê khai ưu đãi lên chính doanh nghiệp; nếu kiểm tra sau đó cho thấy không đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp phải xử lý hậu quả thuế theo quy định.
Đối với công ty phần mềm tại Bắc Ninh, một bộ hồ sơ tốt không nên được hiểu là vài văn bản được lập để “xin ưu đãi”. Đó phải là kết quả của một hệ thống quản trị mà trong đó developer tạo bằng chứng kỹ thuật, sales tạo bằng chứng thương mại, kế toán tạo bằng chứng tài chính và người quản lý nối tất cả dữ liệu về cùng một sản phẩm.
Khi bốn lớp hồ sơ này thống nhất, doanh nghiệp không chỉ thuận lợi hơn khi giải trình ưu đãi thuế TNDN mà còn quản lý chính xác hiệu quả từng sản phẩm, từng khách hàng và từng dự án phần mềm.
Ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp sản xuất phần mềm không chỉ mang lại lợi ích về tài chính mà còn tạo điều kiện để doanh nghiệp công nghệ phát triển bền vững, mở rộng hoạt động nghiên cứu và nâng cao chất lượng sản phẩm. Tuy nhiên, để được áp dụng chính sách ưu đãi đúng quy định, doanh nghiệp cần thực hiện rà soát kỹ ngành nghề, điều kiện hưởng ưu đãi, hồ sơ chứng minh và cách thức hạch toán liên quan.